正式的思考意味着要如法思维。当我们想达成一种特定的精神状态时，需要事先准备.通过阶段性练习来准备。通常，这些准备步骤包括如法思维。比如，禅修的教导应当包括如法思维从而建立对无常的理解（无常指影响事物的原因和条件时刻在变化，终究归一）；或者教导应当包含建立理解“空性”这个概念的如法思维。（“空性”指世间万物皆无自性，不断流转生灭，无固定主体）。通过思考并行持如法思维，逐渐可以确信不仅仅无常和空性是真实的，而且如法思维可得以证明无常和空性也是真实的。不仅如此，通过对如法思维逻辑确信还可以产生对无常和空性的正确且关键的理解。记住：逐渐确信的过程是思考阶段的一部分。
另外,还可以建立一种精神状态，不一定要通过理性思考的形式，但是是通过次第完成。比如,如果想发菩提心的话，我们需要经历生发泰然处之心态的阶段，并且把所有人都视为我们在一段前世轮回中的母亲，纪念母爱的仁慈，变得感激等等。我们经历了这些阶段从而确信通过行持这些步骤，就会达到升起菩提心的目标。这仍然是思维阶段的一部分。
同时我们需要非常清楚的明白，在这个思维过程当中，自己想要达成的心境是到底是怎样的。有些禅修意在帮助我们把精力集中在某种东西上，比如，一个观念的佛。禅修一个观念的佛时，我们需要明白这是一种集中注意力禅修的方式，它意在集中关注一种特定的物体，亦即一尊笑的，三维的，活的佛，由我们想象中的眼前的光化成。
另一方面，要修成不同的心境就有不同的禅修。比如，慈爱。慈爱不是能集中注意的一种东西，而是一种心境，一种我们所创造的精神状态。所以需要知道哪种形式的禅修是我们正在修持的：我们在集中注意力于一种特定的事物还是在努力创造一种特定的心境？我们在努力达到怎样的状态？
两种情况下，宗喀巴大师着重强调了我们需要知道如下两件事情：
首先，需要明白我们需要什么样的事物在心中形成。我们是在讨论禅修一个能看见的佛还是禅修慈爱，我们想在禅修中出现的事物是什么？ 第二，需要知道怎样让那种事物在心中扎根，怎样去认知它。如果对这两点完全清楚的话，那么怎样去创造我们想要形成的心境呢？
比如，大悲悯：大悲的目的是什么？形成的事物是什么? 当修行大悲悯时，在头脑中形成的事物是众生，各种经受苦难的烦恼身。我们将精神集中在他们身上，并且分辨他们的各个方面，即他们所经受的痛苦，和这些痛苦的原因。怎样才能让这些存在在头脑中扎根呢？须在头脑中升起大愿，希望众生离开这些痛苦和造成这些痛苦的原因，并且着意将这些痛苦换由自己来承担。这样，通过思维已经听闻或读到的指导，我们能够清楚地辨别理解我们想要产生的这些心境。
如果计划修行菩提心，我们需要思考清楚我们的精神在如此禅修中所做的事情。许多人将菩提心与大悲悯混淆；显然二者是不同的。菩提心是一种以大悲悯为基础的精神状态；但是菩提心比仅仅发愿让众生离苦和离苦因来的更深刻。它超越了仅仅想要让诸烦恼身开悟并且承担为此的责任的发心。但是这些善的念头和感觉是菩提心的基础和由之生发的积极情绪。我们首先需要有这种慈爱的基础并且升起大悲悯。
当真正端坐在蒲团上修行菩提心的时候，我们需要把注意力集中在什么上面呢？应集中在自己的顿悟上面 – 虽然此时顿悟还没有产生，但是会在需要达到顿悟所生的佛性因素和刻苦修炼的基础上产生。我们的佛性因素是我们成佛所需的所有基本素质和特点，如心念清净。不要把注意力集中在对释迦摩尼佛的顿悟，也不要把注意力集中在一般意义上的抽象的顿悟之上；而是要把注意力集中在自己的顿悟之上，集中在还没有形成的顿悟之上。
如何将注意力集中在还未产生的顿悟之上呢?这不太容易。首先，需要知道那意味着什么，以及那是一种怎样的状况 – 还未产生的状况或事情。比如，需要考虑：是否还未生发的嫩芽已在种子之中含苞待发？还是种子中根本不包含嫩芽？
显然，当关注还未发生的顿悟时，对于空性的理解是必须的，它有助于我们真正清楚地了解我们所关注的东西。还未生成的顿悟不像田径比赛中的重点那样,它不存在于外界的任何地方。它也不存在于精神中或是潜藏在佛性中，含苞待发。它并不像上述事物那样可以被我们发现。另一方面，我们也不是将精力集中在根本不存在的东西上，我们并不是什么都没关注，相反地，我们需要知道，还未产生的顿悟是一种可在佛性的基础上有效地融入精神连续统内的因素。还要知道将一种东西在适当基础之上有效融入精神连续统意味着什么。
然而，为了将精力集中在还未发生的顿悟上，需要在意识中形成对顿悟的意象。比如，可以想象"顿悟"这个词的声音，或者在脑中形成一尊佛的思维图像。在密教经典中，可以把自己想象成佛身。在这些例子当中，需要把在意识中出现的声音或图像视为我们还未发生的顿悟的一种表现。
下一步，如何把精神集中在这些意象上呢？当顿悟在头脑中形成意象的时候，我们用两种意念来在还未产生的顿悟上集中精力，第一是：“我即将获得顿悟。”现在，要获得这种为了得到顿悟而生的意念，我们还要依靠其他一些必须思维了理解的东西。需要真实地知道，我们要正真获得顿悟需要做些什么。态度不能随随便便：“哦，我就要顿悟了。”我们需要知道我们是如何去获得它的，并且确信我们可以获得它。我们要获得顿悟，需要生起正念，不然的话，想顿悟简直就是做梦。还有，我们还要清楚地了解什么是顿悟，这也不太好理解。我们通过顿悟过程中的第二步来获取对这些概念的理解：思维。
当我们把精力集中在头脑中生成意象的时候，第二个意念就是我们要尽可能地去裨益他人。毕竟，顿悟并不表示要成为全能的上帝。而且裨益众生确确实实是建立在之前践行这些步骤之上，建立菩提心的基础，称之为慈爱和大悲。我们有让他人顿悟的责任，因为我们发愿让他们脱离苦海、充满快乐。
这个思维步骤很长，并且需要一定的工作量。但是在这一步结束的时候，我们清楚地确信：我们正在努力达到的是一种怎样的心境、怎样才能建立起那种心境。我们同时完全且真正地相信，我们能够生成那种心境，并且生成它是非常有益的。
虽然这种形式的思维看起来像禅修，但依照一般定义，它并不是真正的禅修。有些不能准确地使用这个术语的西方人也许会把上述过程称为禅修，但那是不正确的。我们需要知道思维和禅修的区别。这种思维过程是非常有益的活动，思维教法是我们每时每刻都可以去做的。比如，堵车的时候，可以思考怎样的心境可以运用于这种情景 – 比如，慈爱。慈爱和这种情景是如何关联的呢？这样想的饶益是什么呢？等等。这些是我们每天都可以去思考的重点。